谷内江 望
RESEARCH DIRECTIONS
Create technologies for interrogating human biologyPROFILE
2005 慶應義塾大学環境情報学部
2007 慶應義塾大学政策・メディア研究科バイオインフォマティクス 前期修士課程修了
2009 慶應義塾大学政策・メディア研究科システム生物学 後期修士課程修了 博士(学術)
2010 ハーバード大学およびトロント大学 博士研究員
2014 東京大学先端科学技術研究センター 准教授 (-2020)
2020 東京大学先端科学技術研究センター 客員准教授 (-2023)
2020 Associate Professor, School of Biomedical Engineering, The University of British Columbia (-2023)
2020 Canada Research Chair in Synthetic Biology (-Today)
2023 Research Director, School of Biomedical Engineering, The University of British Columbia (-Today)
2023 Professor, School of Biomedical Engineering, The University of British Columbia (-Today)
2023 東京大学先端科学技術研究センター 客員教授 (-Today)
2023 大阪大学ヒューマン・メタバース疾患研究拠点 特任教授 (-Today)
FIELD OF INTEREST
動物の発生は受精卵からはじまり、細胞が分裂を繰り返すことで成立します。この過程で、細胞は遺伝情報を娘細胞に伝え、さまざまな組織構造を形成するためにその機能を動的に変化させます。また、環境シグナルはゲノムプログラムを通じて細胞内の遺伝子発現を変化させ、それらが次の細胞の内部状態を規定し、次のシグナルを外部環境のために作り上げます。このことが細胞が組織の異なる空間で機能的なクラスターに自己組織化することを実現させています。このような美しいプロセスはどのように調べることができるでしょうか?近年のオミクスプロファイルを計測する手法はいずれもサンプルの破壊を必要とするため、時系列分析を行うことができません。蛍光プローブを用いたライブセルイメージングなどは、少ない数の分子や細胞を対象とする観察に限ります。生物学には、哺乳動物個体などの多細胞から構成される複雑なシステムのダイナミクスを観測できないという大きなハードルがあります。これを克服するために、UBCおよび大阪大学にある私たちの研究室では、DNAイベントレコーディングと遡及的クローン単離という新しい生物学の2領域を提案しています。
PUBLICATION
- DNA-GPS: A theoretical framework for optics-free spatial genomics and synthesis of current methods. Greenstreet L, Afanassiev A, Kijima Y, Heitz M, Ishiguro S, King S, Yachie N* & Schiebinger G*Cell Syst. 2023 Oct 18;14(10):844-859.e4. doi: 10.1016/j.cels.2023.08.005. Epub 2023 Sep 25. Tenure time loopers. Yachie N* & Shakiba N*Nat Biotechnol. 2023 Oct;41(10):1375-1377. doi: 10.1038/s41587-023-01924-3. A universal sequencing read interpreter. Kijima Y, Evans-Yamamoto D, Toyoshima H & Yachie NSci Adv. 2023 Jan 4;9(1):eadd2793. doi: 10.1126/sciadv.add2793. Epub 2023 Jan 4. A framework to efficiently describe and share reproducible DNA materials and construction protocols. Mori H & Yachie NNature Communications. 2022 May 24;13(1):2894. doi: 10.1038/s41467-022-30588-x. Deep distributed computing to reconstruct extremely large lineage trees. Konno N, Kijima Y, Watano K, Ishiguro S, Ono K, Tanaka M, Mori H, Masuyama N, Pratt D, Ideker T, Iwasaki W & Yachie NNature Biotechnology. 2022 Apr;40(4):566-575. doi: 10.1038/s41587-021-01111-2. Epub 2022 Jan 6. Base editors for simultaneous introduction of C-to-T and A-to-G mutations Sakata RC, Ishiguro S, Mori H, Tanaka M, Tatsuno K, Ueda H, Yamamoto S, Seki M, Masuyama N, Nishida K, Nishimasu H, Arakawa K, Kondo A, Nureki O, Tomita M, Aburatani H, Yachie N.Nat Biotechnol. 2020 Jun 2. doi: 10.1038/s41587-020-0509-0. Perturbing proteomes at single residue resolution using base editing. Després PC, Dubé AK, Seki M, Yachie N, Landry CR.Nat Commun. 2020 Apr 20;11(1):1871. doi: 10.1038/s41467-020-15796-7 DNA barcodes evolve for high-resolution cell lineage tracing. Masuyama N, Mori H, Yachie N.Curr Opin Chem Biol. 2019 10;52:63-71. doi: 10.1016/j.cbpa.2019.05.014 DNA event recorders send past information of cells to the time of observation. Ishiguro S, Mori H, Yachie N.Curr Opin Chem Biol. 2019 10;52:54-62. doi: 10.1016/j.cbpa.2019.05.009 Fast and global detection of periodic sequence repeats in large genomic resources. Mori H, Evans-Yamamoto D, Ishiguro S, Tomita M, Yachie N.Nucleic Acids Res. 2019 01 25;47(2):e8. doi: 10.1093/nar/gky890 Engineered CRISPR-Cas9 nuclease with expanded targeting space Nishimasu H, Shi X, Ishiguro S, Gao L, Hirano S, Okazaki S, Noda T, Abudayyeh OO, Gootenberg JS, Mori H, Oura S, Holmes B, Tanaka M, Seki M, Hirano H, Aburatani H, Ishitani R, Ikawa M, Yachie N, Zhang F, Nureki O.Science. 2018 09 21;361(6408):1259-1262. doi: 10.1126/science.aas9129 Robotic crowd biology with Maholo LabDroids. Yachie N, , Natsume T.Nat. Biotechnol. 2017 04 11;35(4):310-312. doi: 10.1038/nbt.3758 Targeted nucleotide editing using hybrid prokaryotic and vertebrate adaptive immune systems. Nishida K, Arazoe T, Yachie N, Banno S, Kakimoto M, Tabata M, Mochizuki M, Miyabe A, Araki M, Hara KY, Shimatani Z, Kondo A.Science. 2016 09 16;353(6305). doi: 10.1126/science.aaf8729 Pooled-matrix protein interaction screens using Barcode Fusion Genetics. Yachie N, Petsalaki E, Mellor JC, Weile J, Jacob Y, Verby M, Ozturk SB, Li S, Cote AG, Mosca R, Knapp JJ, Ko M, Yu A, Gebbia M, Sahni N, Yi S, Tyagi T, Sheykhkarimli D, Roth JF, Wong C, Musa L, Snider J, Liu YC, Yu H, Braun P, Stagljar I, Hao T, Calderwood MA, Pelletier L, Aloy P, Hill DE, Vidal M, Roth FP.Mol. Syst. Biol. 2016 Apr 22;12(4):863. doi: 10.15252/msb.20156660 Widespread macromolecular interaction perturbations in human genetic disorders. Sahni N, Yi S, Taipale M, Fuxman Bass JI, Coulombe-Huntington J, Yang F, Peng J, Weile J, Karras GI, Wang Y, Kovács IA, Kamburov A, Krykbaeva I, Lam MH, Tucker G, Khurana V, Sharma A, Liu YY, Yachie N, Zhong Q, Shen Y, Palagi A, San-Miguel A, Fan C, Balcha D, Dricot A, Jordan DM, Walsh JM, Shah AA, Yang X, Stoyanova AK, Leighton A, Calderwood MA, Jacob Y, Cusick ME, Salehi-Ashtiani K, Whitesell LJ, Sunyaev S, Berger B, Barabási AL, Charloteaux B, Hill DE, Hao T, Roth FP, Xia Y, Walhout AJM, Lindquist S, Vidal M.Cell. 2015 Apr 23;161(3):647-660. doi: 10.1016/j.cell.2015.04.013