講師
坪山 幸太郎
RESEARCH DIRECTIONS
Discpher key facts from large-scale biological dataLABORATORY
https://sites.google.com/view/tsubo-lab/PROFILE
2016年 3月 東京大学 医学部 医学科
2019年 3月 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻
2019年 4月 東京大学 定量生命科学研究所 日本学術振興会 特別研究員 (PD/CPD)
2020年 3月 Northwestern大学 Rocklin研究室 日本学術振興会 特別研究員 (CPD)
2021年 3月 Northwestern大学 Rocklin研究室 Long-Term Fellow of the Human Frontiers Science Program
2023年 4月 東京大学・生産技術研究所・講師 (PI)
FIELD OF INTEREST
研究室紹介: タンパク質は20種類のアミノ酸からなる多量体であり、その多様性ゆえに多彩な機能をもたせることができます。一方で、その多様性のために、タンパク質に関する基本法則をきちんと理解することなく、合理的に人工タンパク質 (“新奇“タンパク質; De novo protein) を設計することは困難です。そこで、大規模解析法と深層学習をはじめとする機械学習とを組み合わせることで、タンパク質の基本法則の解析と人工タンパク質の設計を繰り返します。この繰り返しにより、タンパク質の複雑な基本法則を解明するとともに、合理的な人工タンパク質の設計法の確立を目指します。
PUBLICATION
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Dissecting the stability determinants of a challenging de novo protein fold using massively parallel design and experimentation.
Kim TE, Tsuboyama K, Houliston S, Martell CM, Phoumyvong CM, Lemak A, Haddox HK, Arrowsmith CH, Rocklin GJ.Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Oct 11;119(41):e2122676119. doi: 10.1073/pnas.2122676119. Epub 2022 Oct 3.
A widespread family of heat-resistant obscure (Hero) proteins protect against protein instability and aggregation.
Tsuboyama K, Osaki T, Matsuura-Suzuki E, Kozuka-Hata H, Okada Y, Oyama M, Ikeuchi Y, Iwasaki S, Tomari Y.PLoS Biol. 2020 Mar 12;18(3):e3000632. doi: 10.1371/journal.pbio.3000632. eCollection 2020 Mar.
PMID: 32163402 Conformational Activation of Argonaute by Distinct yet Coordinated Actions of the Hsp70 and Hsp90 Chaperone Systems. Tsuboyama K, Tadakuma H, Tomari Y.Mol Cell. 2018 May 17;70(4):722-729.e4. doi: 10.1016/j.molcel.2018.04.010. The ATG conjugation systems are important for degradation of the inner autophagosomal membrane Tsuboyama K, Koyama-Honda I, Sakamaki Y, Koike M, Morishita H, Mizushima N.Science. 2016 Nov 25;354(6315):1036-1041. doi: 10.1126/science.aaf6136. Epub 2016 Oct 20.
PMID: 27885029