特任准教授
山下 雄史
RESEARCH DIRECTIONS
Unlock the power of structural biologyPROFILE
2004年3月 京都大学大学院理学研究科 博士課程修了
2004年4月 東京大学大学院総合文化研究科 博士研究員
2007年4月 米国ユタ大学 博士研究員
2010年4月 米国シカゴ大学 博士研究員
2011年1月 東京大学先端科学技術研究センター 特任准教授
FIELD OF INTEREST
分子レベルで見た生命現象は、広い意味での化学反応(化学結合の組み換えだけでなく、タンパク質の構造変化やドッキングのような変化も含む)の巧妙で複雑なネットワークに見えます。この化学反応ネットワークの一部に異常が生じることで、生物は様々な病気を引き起こします。このことから、個々の化学反応の異常を引き起こすもしくは異常を回避するメカニズムを予測することが非常に重要であると考えられます。私は、病気に関わる生体分子(特に癌を誘発するタンパク質)の振る舞いを理論計算(特に、分子動力学シミュレーション)に基づき分子レベルで解明していくことを研究の目的としています。こうして得られる知見は薬をデザインするヒントになりえるので、創薬分野にも大きなインパクトがあります。実際に、実験グループとの連携により、理論面から直接的かつ積極的に創薬分野への貢献を目指しています。またこのような応用科学を推進すると同時に、新たなニーズに応じた基礎理論も開発しています。これによって、量子化学や統計力学などの基礎分野へも貢献していきたいと考えています。
PUBLICATION
- Molecular dynamics analysis to evaluate docking pose prediction. Sakano T, Mahamood MI, Yamashita T, Fujitani H.Biophys Physicobiol. 2016;13:181-194. doi: 10.2142/biophysico.13.0_181 The feasibility of an efficient drug design method with high-performance computers. Yamashita T, Ueda A, Mitsui T, Tomonaga A, Matsumoto S, Kodama T, Fujitani H.Chem. Pharm. Bull. 2015;63(3):147-55. doi: 10.1248/cpb.c14-00596 Molecular dynamics simulation-based evaluation of the binding free energies of computationally designed drug candidates: importance of the dynamical effects. Yamashita T, Ueda A, Mitsui T, Tomonaga A, Matsumoto S, Kodama T, Fujitani H.Chem. Pharm. Bull. 2014;62(7):661-7. doi: 10.1248/cpb.c14-00132 Structural features of interfacial tyrosine residue in ROBO1 fibronectin domain-antibody complex: Crystallographic, thermodynamic, and molecular dynamic analyses. Nakayama T, Mizohata E, Yamashita T, Nagatoishi S, Nakakido M, Iwanari H, Mochizuki Y, Kado Y, Yokota Y, Satoh R, Tsumoto K, Fujitani H, Kodama T, Hamakubo T, Inoue T.Protein Sci. 2015 Mar;24(3):328-40. doi: 10.1002/pro.2619 On accurate calculation of the potential of mean force between antigen and antibody: A case of the HyHEL-10-hen egg white lysozyme system T. Yamashita and H. FujitaniChem Phys Lett. 2014, v. 609, pp. 50-53 https://doi.org/10.1016/j.cplett.2014.06.028 On the origin of proton mobility suppression in aqueous solutions of amphiphiles. Xu J, Yamashita T, Agmon N, Voth GA.J Phys Chem B. 2013 Dec 12;117(49):15426-35. doi: 10.1021/jp4051726 High Performance Computing for Drug Development on K computer H. Fujitani, K. Shinoda, T. Yamashita, T. KodamaJ Phys: Conf Ser. 2013, 454, p. 012018. doi: 10.1088/1742-6596/454/1/012018 Energy quantization of chaos with the semiclassical phases alone. Takatsuka K, Takahashi S, Koh YW, Yamashita T.J Chem Phys. 2007 Jan 14;126(2):021104. doi: 10.1063/1.2431178 Excited state electronic structures and dynamics of NOCl: a new potential function set, absorption spectrum, and photodissociation mechanism. Yamashita T, Kato S.J Chem Phys. 2004 Aug 01;121(5):2105-16. doi: 10.1063/1.1768158