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2016.07.19

分子動力学計算によるドッキング予測構造の検査

Molecular dynamics analysis to evaluate docking pose prediction
Takako Sakano, Md. Iqbal Mahamood, Takefumi Yamashita and Hideaki Fujitani
Biophysics and Physicobiology, 13, 181–194 (2016)
doi: 10.2142/biophysico.13.0_181

システム生物医学研究室の坂野・Mahmood等がおこなった分子動力学シミュレーションの創薬応用に関する研究成果がBiophysics and Physicobiology誌に掲載されました。

構造ベースの創薬法では、リガンド-タンパク質複合体の構造を計算機で予測することが成功への鍵の1つです。複合体構造予測のために、これまで多くのドッキングと呼ばれる方法が提案されてきましたが、予測精度は限定的です。本研究では、分子動力学シミュレーション技術を用いることで、ドッキング計算で予測された複合体構造を検査しさまざまな情報を補えることを実証しました。また、参照する結晶構造に含まれるリガンドと検討するリガンドの類似性が分子動力学シミュレーションで見られる構造安定性と相関があることも発見しました。リガンドの類似性が高いと予測精度が高くなることは経験的に知られていましたが、本研究により、分子動力学シミュレーションでその兆候を見出せることが示唆されました。