タイリングアレイによるP53結合とヒストンアセチル化修飾の関係を解明
ゲノムサイエンス研究室の金城研究員と堤助手は、ゲノムタイリングアレイを用いて癌抑制遺伝子p53のゲノム結合部位の同定およびp53結合依存性に生じるヒストンアセチル化修飾に関する解析結果をGenomic誌に発表しました。
抗p53抗体によるChIP-chip解析の信頼性についてENCODEアレイを用いて詳細に検討した結果、従来用いられたPCR増幅ではなく、in vitro転写法による増幅により飛躍的に再現性の向上が得られることが判明しました。
また、p53結合部位の殆どにH4アセチル化が伴うのに対してH3アセチル化はその一部に限定されることを明らかにしました。p53の結合とヒストン修飾を体系的に検出した最初の報告です。
なお、本研究は東工大白髭研究室との共同研究であり、ゲノムネットワークプロジェクトの研究課題として行われました。
Kaneshiro K, Tsutsumi S, Tsuji S, Shirahige K, Aburatani H.
An Integrated Map of p53-Binding Sites and Histone Modification in the Human ENCODE Regions.
Genomics 2006 Nov 2
PubMed
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