|
2005.05.30
|
|
階層クラスタリングと非負値行列分解により同定された異なる発現プロファイルと予後をもつ肺扁平上皮癌の２つの亜型
財団法人癌研究会との共同研究において、稲村健太郎（癌研）らは、48例の肺扁平上皮がん(SCC)、9例の肺腺がん(AC)、30例の正常肺(Normal)の40,386エレメントからなるcDNA
マイクロアレイを用いて得られたデータを、階層クラスタリングにより分類し、肺扁平上皮がんが明瞭な２つのクラスターを認めた。さらに、非負値行列分
解によりクラスターの頑健性を確認した。
次に、これらのクラスターに対し、カプランマイヤー生存解析を行ったところ有意差はなかったが
(p=0.071)、6年生存率に対してZ検定をしたところ有意差を認めた(40.5% vs
81.8%, p=0.014)。また、Gene OntologyのBiological
process categoriesを利用した統計解析により、予後の悪い亜系では、細胞増殖(cell-proliferation)に関連する遺伝子が、予後の
よい亜系では、MAPKKKカスケード(MAPKKK cascade)やセラミド代謝(ceramide
metabolism)といった分化した細胞内機能(differentiated intracellular
function)や転写制御(regulation of transcription)が正の制御を受けているという結果を得た。
現在、肺扁平上皮がんの亜分類には分化度が用いられているが、予後にはほとんど関連がない。その他組織学的に変化はあるものの予後を十分判別するよ
うな基準はこれまでなかった。そのため、遺伝子発現プロファイルにより予後の異なる亜型を同定したという本報告は、今後、肺扁平上皮がんの新たな分類
を構築していく上で価値があるといえよう。
Kentaro Inamura, Takeshi Fujiwara, Yujin Hoshida,
Takayuki Isagawa,Michael H. Jones, Carl Virtanen,
Miyuki Shimane, Yukitoshi Satoh, Sakae Okumura,Ken
Nakagawa, Eiju Tsuchiya, Shumpei Ishikawa, Hiroyuki
Aburatani, Hitoshi Nomura, Yuichi Ishikawa.
"Two subclasses of lung squamous cell carcinoma
with different gene expression profiles and
prognosis identified by hierarchical clustering
and non-negative matrix factorization"
Oncogene in press
|
|
