Database

SBM DB システム生物医学データベース

Systems Biology and Medicine Database

目的

当データベースでは、主にヒト疾患に関する研究のための遺伝子発現データベースを提供しています。 網羅的な遺伝子発現プロファイル解析は、疾病の原因解明や薬剤の効果などの分子レベルでの機能解明のための、 非常に有用な情報であると期待されます。

実験プロトコルについて

当データベースのすべての遺伝子発現解析は、Affymetrix社のGeneChipを用いて測定しています。 すべての実験プロトコルは、Affymetrix社により提供される、 GeneChip発現解析マニュアル(GeneChip Expression Analysis Technical Manual)に従っています。 10μgの total RNAからbiotin-labelをしたcRNAを合成し、GeneChipへハイブリダイズさせます。 洗浄後、streptavidin-phycoerythrin により染色し、Hewlett-Packard社製のスキャナで 各probeの蛍光強度を画像データとしてとりこみます。

データ解析について

ハイブリダイズしたRNAの量はprobeの蛍光強度を数値化して解析します。 解析にはGeneChip解析統合ソフトウェア"MicroArray Suite"(MAS)を用い、発現量、 発現フラグに相当する値を、
MAS ver.4では、Average Difference、Absolute Call
MAS ver.5では、Signal値、Detection Call、Detection P value
として、それぞれ算出します。
(各値についての詳細説明はAffymetrix社のWebsiteから提供される情報を参照してください。)

Probeset(遺伝子)の情報

各ProbesetにはGenBank accession (またはdbEST、RefSeqなどのaccession)が対応しています。 accessionに対応するUniGene Cluster (NCBI)による 遺伝子情報に加え、さらに NetAffx(R) (Affymetrix社) から提供される遺伝子情報も付加しています。

利用規定

  1. 当データベースの利用者は利用規定を遵守し、目的に適うご利用方法のみでデータ参照をすること
  2. 当データベースから取得したデータをそのまま或いは一部改変して商用利用しないこと
  3. 当データベースから取得したデータをそのまま或いは一部改変して第三者へ譲渡しないこと
  4. 当データベースのデータを利用した研究発表、論文発表を行う際は、事前に通知の上
  5. 当データベースのすべてのデータは、その精度、信頼性について一切保証いたしません。 また得られた結果やその利用について、一切の責任を負わないものとします。

著作権

当Webサイトの実験データやその他すべての情報は著作権法によって保護されるものであり、 データの複製には許可が必要です。

更新履歴

2006/01/25 「RefExA」大幅に拡充。
・32サンプルが加わり、合計112サンプルに。
・HG-U133A(22,283 probesets)に加え、HG-U133B(22,645 probesets)のデータを追加し、総データ数は、約2.8倍に増加。
2005/05/16 HUVEC-DB公開開始
・ヒト血管内皮細胞の網羅的な遺伝子発現プロファイルを、基本データベースとして公開開始。
2003/08/25 HNT-DBからRefExAへリニューアル
・サンプル増加に伴い、遺伝子発現データベースの名称をHNT-DB (Human Normal Tissue Database) より、RefExA (Reference database for gene Expression Analysis)に
・遺伝子アノテーションを更新
UniGene情報を更新 (Hs build#161)
NetAffxTMのAnalysis Center (Affymetrix inc.) を追加
・インターフェースを大幅改良
遺伝子名やGenBank Accession などにより、簡単に遺伝子検索が可能
発現パタンはグラデーションで表示。直感的なデータ一覧表示
棒グラフで遺伝子発現を表示(臓器、細胞ごと)
2003/07/08 Human Normal Tissue DB(HNT DB)リニューアル
・ サンプルが大幅に追加・拡充: 40 Normal Tissues + 17 Normal Cells + 23 Cell Lines
・ 遺伝子アノテーションを最新の情報へ更新:UniGene build #159
・ インターフェースをよりわかりやすく、また詳細情報の表示が可能に
2003/04/11 サイト(LSBM)リニューアル。インターフェースの改良。
2002/07/15 HNT-DBではヒト35組織に増加。Webページのリニューアル。
2002/04/16 SBM-DB公開。HNT-DBではヒト30組織を、LSBM-GeNetでは各種実験データを公開

補助金など

SBM-DBは以下の補助金の交付を受けています

  • 平成15年度 日本学術振興会 科学研究費補助金 研究成果公開促進費(データベース)
  • 平成17年度 日本学術振興会 科学研究費補助金 研究成果公開促進費(データベース)
  • 平成18年度 日本学術振興会 科学研究費補助金 研究成果公開促進費(データベース)
  • 平成19年度 日本学術振興会 科学研究費補助金 研究成果公開促進費(データベース)

お問い合わせ

当サイトへのご質問・ご要望などは、E-mailにて dbadmin@genome.rcast.u-tokyo.ac.jp までお問い合わせください。